La sensibilité au gluten se caractérise par la présence de symptômes liés à l’ingestion de gluten, ou plus exactement d'aliments renfermant du gluten, pratiquement les mêmes que ceux retrouvés dans la maladie coeliaque : diarrhées chroniques, ballonnements, indigestion, acidité gastrique/reflux gastrooesophagien, fatigue chronique, syndrome du « côlon irritable », irritabilité, dépression/anxiété/attaques de panique, douleurs articulaires, fragilité osseuse, maux de tête, migraines, aphtes chroniques, pour ne citer que les principaux. En revanche, on ne retrouve chez les malades ni lésions intestinales, ni anticorps, ce qui permet à cette sensibilité de passer inaperçue aux yeux du médecin (à l'inverse de la maladie coeliaque).
Les symptômes de la sensibilité sont les mêmes que ceux de l’intolérance, à l’exception des complications (maladies autoimmunes, cancers, etc.) et peuvent conduire le médecin à des erreurs de diagnostic – son diagnostic peut s’orienter vers une « fibromyalgie », une « spasmophilie » ou pire.
Les mécanismes à l’origine des symptômes de la sensibilité au gluten n’ont pas été élucidés, mais la réalité de cette condition a été démontrée dans plusieurs études.
Dans la sensibilité au gluten, il semble en fait que ce soit l’immunité innée qui s’active pendant la digestion pour empêcher le gluten (ou d'autres constituants des aliments à gluten) d’agir de manière néfaste. Cette réaction immunitaire provoque alors des symptômes (douleurs, ballonnements et fatigue). Beaucoup plus fréquente que la maladie coeliaque, la sensibilité au gluten toucheraient au moins 10 % des Français soit plus de 6,6 millions de personnes.
Pour diagnostiquer une sensibilité au gluten, le seul moyen à l’heure actuelle consiste en l’éviction totale du blé et des céréales qui contiennent du gluten. Si les symptômes s’estompent en quelques jours ou quelques semaines lorsque la personne élimine totalement le gluten de son alimentation et que les tests de la maladie coeliaque sont négatifs, alors on peut affirmer qu’elle est sensible au gluten. Des tests biologiques sont en cours de validation aux Etats-Unis, dans l'équipe du Pr Alessio Fasano.